Blidösundsbolagets historia börjar redan 1911 då ursprungsbolaget beställde s/s Blidösund för trafiken mellan Stockholm och Roslagsskärgården. Bakom bolaget stod framför allt befolkningen på öarna Blidö och Yxlan. Rederiet fortsatte sedan sin verksamhet fram till 60-talet då verksamheten upphörde när resenärerna valde vägfärjor och snabbåtar.
Sommaren 1969 sattes båten i trafik igen och en ny epok inleddes. Den här gången var det besättningen som blev ägare. Båten renoverades från köl till skorsten och trafiken växte successivt.
År 2000 köpte rederiet de två stora motorfartygen Sjögull och Sjöbris och tog därmed över snabbåtstrafiken mellan Stockholm och Arholma och Rödlöga. Samtidigt blev rederiet operatör för färjetrafiken mellan Södermalm och Hammarby Sjöstad. Under några år drevs även färjetrafiken mellan Nybroviken och Allmänna Gränd på uppdrag av Strömma Kanalbolaget.
Från 2004 arrenderar Blidösundsbolaget även Siaröfortet i Furusundsleden med dess museum, vandrarhem och gästhamn.
Den senaste expansionen var när Blidösundsbolaget 2007 vann upphandlingen om att bli operatör för nio av Waxholmsbolagets fartyg, däribland de två stora ångbåtarna Norrskär och Storskär samt det fyra Djurgårdsfärjorna.
Förra året omsatte rederiet 65 MSK och hade under sommaren närmare 200 anställda. Vintertid är antalet anställda ca 50.
Verksamheten på Segelkronan och Kastellet är tänkt att komplettera den idag säsongsmässigt tunga sommaren. De två som kommer att arbeta med och ansvara för den nya verksamheten är rederiets nuvarande köksmästare Roger Stööp och den tidigare chefen på Siaröfortet Catharina Magnusson.
Bokning och försäljning kommer Veronica Schultz och Christina Toresson på rederikontoret på Ferkens Gränd 3 i Gamla Stan att ansvara för.